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治療幽門螺桿菌的藥物以及相應副作用通常見于以下情況：1、抗生素：老年患者服用抗生素后會出現抗生素相關性腹瀉，表現為大便不成形、較長時間腹瀉，嚴重者甚至會出現帶有黏液的膿血便。對于老年患者而言，根除幽門螺桿菌時應該慎重，可以在治療過程中加用益生菌。并且在停藥后，再服用一段時間益生菌，避免出現抗生素相關性腹瀉；2、鉍劑：鉍劑本身屬于重金屬，在服用過程中導致大便可能呈黑色，患者不用過于擔心。但是鉍劑不建議長期使用，鉍劑過量應用后可能會沉積在肝、腎，對肝、腎功能造成一定影響；3、質子泵抑制劑：在治療過程中，部分患者出現燒心、反酸，導致長期依賴質子泵抑制劑。如果長期使用質子泵抑制劑抑酸，可以導致老年患者對細菌殺傷作用減弱，容易出現肺部感染癥狀。同時，胃酸有助于鈣吸收，如果長期抑酸有可能會導致鈣吸收欠佳，造成骨質疏松。此外，長期抑酸也可能會引起萎縮加重或胃部息肉生長，以及神經內分泌細胞增生現象。