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病毒性腦膜炎通常累積大腦軟膜，即蛛網膜，因此患者常伴有嚴重的頭痛癥狀。臨床上，患者的腦脊液通常表現為外觀清亮透明，生化檢查顯示內部蛋白含量以及淋巴細胞數等增多，而糖含量維持在正常范圍內。對于部分病毒性腦膜炎患者，可以通過檢測腦脊液內抗體或擴增腦脊液內DNA或RNA的方法來進一步明確感染源，以進行下一步治療。